【摘 要】
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刺参(Apostichopus japonicus)是我国重要的海水养殖动物,因具有丰富的营养成分和生理活性物质已成为我国北方海水养殖业产值最高的水产动物.管足是刺参的多功能器官,具有呼吸、捕食、免疫、运动等功能.已有的研究表明,对刺参管足的研究,大多是解剖生物学和发育生物学等初步分析,在管足的分子生物学方面的研究十分少见.本研究采用高通量测序和生物信息学等技术对刺参管足miRNA 进行初步研究,
【机 构】
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大连海洋大学水产与生命学院,大连,116023
【出 处】
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“全球变化下的海洋与湖沼生态安全”学术交流会
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刺参(Apostichopus japonicus)是我国重要的海水养殖动物,因具有丰富的营养成分和生理活性物质已成为我国北方海水养殖业产值最高的水产动物.管足是刺参的多功能器官,具有呼吸、捕食、免疫、运动等功能.已有的研究表明,对刺参管足的研究,大多是解剖生物学和发育生物学等初步分析,在管足的分子生物学方面的研究十分少见.本研究采用高通量测序和生物信息学等技术对刺参管足miRNA 进行初步研究,以期为进一步解析管足生长发育相关基因及其调控积累前期工作基础.,研究结果表明：共得到管足RNA reads 为8,053,300 条,clean reads 为4,799,733 条,共包含了85,593条unique reads.经分析发现,共有3,206,438 条reads 为已知miRNA reads,可聚类到260 种已知miRNA中,其中测序条数为100 以上的reads 为67 种,发现新的miRNA 6 种.对所有miRNA 进行靶基因预测,共得到靶基因13467 个,经GO 分析后发现这些基因存在于不同的生物功能本体中.对这些靶基因进行KEGG 分析,并对每个管足特异miRNA 调控的KEGG 做交集分析发现,受到2 个或以上miRNA共同调控的通路有50 条.miRNAs 经实时定量分析,发现其中4 种miRNAs,miR-29a,miR-29b,miR-278-3p 和 miR-2005 为刺参管足特异上调表达的miRNAs.这四种miRNAs 的靶基因分别有579、544、279 和574 个.选取部分靶基因进行实时定量验证,15 个预测的靶基因中有11 个基因符合预测结果.这11 个靶基因分布在不同的GO 本体中,行使不同的功能.
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