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以崇明岛53只崇明白山羊、30只徐淮山羊、37只杂山羊为实验材料，利用直接测序寻找心脏型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）部分exon2及intron2序列上的SNPs，PCR-RFLP分析其多态性。结果表明：存在3个SNP位点（A1017G、C1115T、G999-）。A1017G通过HaeⅡ-RFLP得到BB、Bb、bb 3种基因型，除徐淮山羊外，崇明白山羊和杂山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态，3个群体均为低度多态（PIC＜0.25）。C1115T未引起酶切位点改变。G999-通过SauⅠ-RFLP得到DD、Dd、dd 3种基因型，崇明白山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态，为低度多态（PIC＜0.25）；徐淮山羊和杂山羊只有DD基因型，呈严重的偏态，没有多态性。本研究表明H-FABP在不同山羊品种中具有单核苷酸多态性，可进一步作为候选基因分析其与肌内脂肪含量性状的关联性。