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测定了5个MABV株系Y-6，YT-01A，AY-98，H1，NCl和1个IPNV株系AM-98中编码polyprotein前体和Vt5的基因A片段的序列。同时测定了另外5个MABV株系Y-10K，TP-93，UR1，KMKBV和JPO-97的、VP5编码区。5个MABV株系的A片段都是3087bp，在5’和3’端分别有111和50bp的非编码区。IPNV株系AM-98的大小为3088bp，在5’端非编码区有1bp插入。MABV的片段A含两个重叠的ORF。编码VP5的ORF大小为402bp，可以编码分子量为15.6kDa，含有133个氨基酸残基的蛋白。而AM-98编码的VP5稍大，含148个氨基酸残基，预测的分子量为17.4 kDa。与IPNV株系相比，MABV株系的VP5中含有4个独有的残基。MABV株系与IPNV株系具有63.9-86.4％的同源性。从不同寄主或地理区域中得到的12个MABV株系的VP5序列十分相似，氨基酸同源性达到94.5％-100％。MABV株系间最大的差异出现在YT-01A和YTAV之间，有6个残基不同。AY-98，Y-6，KMKBV，ER1和JPO-97的VP5序列完全一样。VP5看来与毒性或寄主特异性并没有关系。MABV株系的Polyprotein由972个氨基酸残基组成，预测分子量为106.7 kDa。MABV株系之间的氨基酸序列十分相似，同源性为98.3％到99.7％。将MABV株系和AM-98的polyprotein序列与数据库中的YTAV，CC-1和23个IPNV的polyprotein进行了联配分析。与IPNV株系相比，MABV的polyprotein中有21个特异的氨基酸残基。Polyprotein进化树表明31种水生双RNA病毒属于7个基因群。AM-98属于基因群1。所有的MABV株系属于一个不同于其他水生双RNA病毒的基因群。基因群MABV与其他基因群具有80.7％～90.6％的氨基酸同源性。另根据基因VP2，建立了45种水生双RNA病毒株系的系统发育树。讨论了MABV polyprotein的残基替代和毒力或寄主特异性的关系。