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根据GenBankH9N2基因组序列两端非编码区序列特点，设计引物，用RT-PCR技术扩增，获得A型禽流感病毒分离株A/Chicken/Guangxi/KMⅢ/99(H9N2)(缩写：CK/GX/KMⅢ/99)基因组全长的8个全基因组节段。经序列比较及遗传进化分析结果表明，CK/GX/KMⅢ/99基因组的8个节段均与A/Chicken/Guangxi/9/99(H9N2)十分接近，可能为同源毒株。基因组8个节段中PB2、PB1、PA、NS 4个节段与A/HongKong/1073/99属于Quail/HK/G1/97亚系，与香港禽流感事件有关。其余4个节段HA、NA、M、NP基因属于CK/Bj/94亚系。因此，CK/GX/KMⅢ/99是两个以上不同基因亚系间发生自然重排的产物，且有一定代表性，且病毒的变异、重组在H9N2亚型禽流感病毒遗传进化中有重要地位。