由农业部和卫生部联合发布的《食品中农药最大残留限量标准》，已从2013年3月1日起开始实施。它制约着在菌菇类生产中，各种化学消毒剂对菌体成长过程中可能造成的污染，严防“农药最大残留限量”超标。在现代化、工业化时代，水已不是原来意义上洁净的健康水。大量的生活、生产用水，改变了天然水的物理、化学或生活学的组成和性质。水体污染物及其来源大体有化学污染物、物理污染物、生物污染物三类，必须指出，如果在菌菇类生产中，将被污染了的水用于培养料的搅拌和对生长中的菌体进行喷洒，还极有可能使菌体在吸取培养料中营养的同时，也吸取了培养料中的污染物，使菌体内存在无法去除的重金属和有机、无机污染物。因此，在菌菇类生产中应十分重视、讲究应用水的水质，避免使用含氧量小、存在重金属的被污染了的水，防止影响菌体的茁壮生长，防止在子实体内存在不可逆的重金属等污染物。臭氧在水中的溶解度比氧气大得多，几乎是氧溶解量的10倍。在食药用菌生产中如能采用臭氧化后的水作为搅拌和增湿房等用水，不仅可以杀灭其中的杂菌，化解其中的重金属、有毒物质等污染物，降解有害气体，而且能够增加水体含氧量，促进菌体的生长。