本文运用多元回归模型、随机前沿生产函数模型，分别检验2001-2005年沪深上市公司的R&D投资决策与内源融资、技术效率关系。研究结果显示，公司现金持有量对R&D投资具有显著的解释力，但盈利能力强公司并没有进行更多的R&D投资。在进一步引进托宾Q控制变量，从而控制了现金流作为未来投资机会指示器的作用后，发现现金持有量和R&D投资机会的交乘项与R&D投资具有负相关关系，体现了融资约束公司R&D投资决策中现金持有的对冲效应。同时，研究证明R&D投资显著提高了公司技术效率，这种R&D投资的影响力在滞后二年期得到了进一步提高。本文研究结果为中国金融市场的不完全性提供了证据，从一个侧面充分体现出了转轨经济环境下中国上市公司R&D投资决策内源融资约束的特点，不仅在一定程度上丰富了转轨经济环境下公司R&D投资决策相关经验研究文献，而且有助于合理判断和考察R&D投资决策技术效率业绩，指导公司建立具有内在一致性的R&D投融资战略。