微生物(包括噬菌体/病毒)曾被用作人类基因组项目中大规模高通量DNA测序以及基因组拼接注释技术研发的模式。与此同时,鉴于微生物高度多样化的生理特征及漫长的进化历史,与人类和环境的紧密联系及相对较小的基因组和简单的功能分析系统等特征,其基因组研究已成为生命科学领域发展最快的研究方向之一。在此基础上,传统的传染病病理学和流行病学研究由于利用基因组学的技术和知识,获得了一系列突破性成就;得以在分子水平上,"精确"解释病原生物的毒力和致病机制以及相关的微进化机制。与此同时,也可以获得很多潜在的分子靶标,用于开发诊断方法以及创新药物和疫苗。中国病原微生物基因组研究的艰苦起步但成功进展,已为病原微生物学研究开辟了新纪元、提供了新机遇。凭借着日新月异的检测和数据产生技术发展以及对传染病与病原生物学知识的爆发性积累,传染性疾病的实验室和临床研究的策略和战略都面临快速革新,这对于加强公共卫生体系建设既是机遇也是挑战。面对这一世纪挑战,中国科学家和临床传染病防控专家,应该加深相互了解(Communication),加强合作研究(Collaboration),通过协同努力(Corporation),达到共同发展、共享成果、造福人民的目的 (Credit)。