几种菊属植物的基因组大小测定及其重复序列成分分析

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目前研究者已经在种间杂交、形态学、染色体、分子系统学等方面对菊属(Chrysanthemum L.)植物展开了大量的研究,但关于菊属植物的基因组大小及成分分析的研究却鲜少报道。本研究中利用流式细胞术估算了6种菊属植物的基因组大小,并对其中的两种进行了基因组低覆盖度测序,RepeatExploer分析了基因组中重复序列组成成分,为菊属植物基因组研究奠定基础。试验材料为菊科的两种已知基因组大小的参考物种,二倍体向日葵(Helianthus annuus)和二倍体莴苣(Lactuca sativa),6种待测的菊属植物,甘菊(C lavandulifolium)、异色菊(C.dichroum)、河南产野菊(C.indicum)、河北产野菊(C.indicum)、毛华菊(C.vestitum)、C.weyrichii。选取植株新鲜幼嫩的叶片,进行流式细胞仪测定,每个样品2个生物学重复,估算待测样品的基因组大小。CTAB法提取河北产野菊、毛华菊叶片基因组总DNA,进行基因组低覆盖度测序,利用Repeat Exploer软件分析基因组中的重复序列成分。流式细胞术结果表明,不同菊属植物的核DNA含量(G1值)存在很大的差异。通过参考物种估算菊属植物的核DNA相对含量及细胞学分析,结果显示甘菊、河南产野菊、异色菊为二倍体;河北产野菊为四倍体、C.weyrichii为六倍体。6种菊属植物中,河南产野菊的基因组最小,为2.62 Gb,C.weyrichii的基因组最大,为10.3 Gb。Repeat Exploer分析基因组测序数据,结果显示两种菊属植物的基因组中都含有大量重复序列。河北产野菊中的重复序列占总基因的68.61%,其中42.3%为散在重复序列,26.3%为串联重复序列;毛华菊中的重复序列占总基因组的66.1%,其中41.4%为散在重复序列,24.7%为串联重复序列。综上所述,菊属植物间基因组大小差异较大,并且菊属植物具有丰富的倍性。河北产野菊和毛华菊基因组中都含有大量的重复序列,可占到基因组65%以上,尤其以转座子为主。
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