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人工蛋白Ａ是为大规模生产中分离纯化抗体类药物而设计合成的。它已经表现出了一些比天然蛋白Ａ更优越的性质，如稳定性更高等。但是，在计算机辅助分子模拟中发现，当工人蛋白Ａ放在其抗体的结合位点时，人工蛋白Ａ显得太小；人工蛋白Ａ的两边都有一定空间，可能有一定的改善余地。分子模拟及其他实验结果都表明：在一定范围内，增加亲和配基的体积能够增加配基和抗体之间的亲和力；当亲和配套的体积超过这个程度时，增加亲和配基的体积反而降低了配基和抗体之间的亲和力。但人工蛋白Ａ与抗体之间的结合专一性并不随亲和力的改变而变化。考虑到亲和层析对亲和力大小与结合专一性的要求，人工蛋白Ａ仍然是设计和合成的亲和配基中最适合用于纯化抗体的。