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西瓜细菌性果斑病是由燕麦食酸菌西瓜亚种Acidovorax avenae subsp.citrulli引起,是一种重要的植物检疫性病害.病原菌可以为害西瓜,哈密瓜,甜瓜等,对瓜类生产及相关产业构成了极大的威胁.近年来该病在福建各地西瓜种植地发生为害,从三明、南平和福州地区的闽清、闽侯等地采集的发病西瓜中分离到西瓜细菌性果斑病菌.采用通用引物扩增了燕麦食酸菌西瓜亚种、燕麦食酸菌燕麦亚种和燕麦食酸菌卡特莱兰亚种及若干近缘种的16S rDNA和ITS序列.根据序列的差异设计了多对引物用于鉴别西瓜细菌性果斑病菌,通过多轮的筛选与PCR条件的优化,获得了可有效进行西瓜细菌性果斑病菌检测的特异引物,并建立了西瓜细菌性果斑病菌的PCR快速检测方法.