由于受云南复杂多样的自然生态环境和多民族的社会经济文化的长期影响，云南家牛地方品种经历了不同强度的自然选择和人工选择作用，形成了许多优良特性如抗病力强等.但是，目前关于云南家牛地方品种间抗病力差异的分子遗传基础却知之甚少.鉴于此，本研究采用转录组测序(trancriptome sequencing)方法分别获得了普通牛(Bos taurus)和瘤牛(Bos indicus)的肝脏和脾脏组织的mRNA序列，进行了基因差异表达分析，特别关注免疫相关基因在瘤牛和普通牛之间的表达差异.结果显示：在脾脏组织中共存在12222个差异表达基因，其中有5284个表现为上调、6938个表现为下调；在肝脏组织中共检测到10765个差异表达基因，其中4408个为上调、6357个为下调.GO数据库富集分析显示，差异表达免疫相关基因主要涉及细胞黏附、抗原加工和呈递、补体激活等免疫反应过程；KEGG代谢通路分析显示，差异表达免疫相关基因主要富集在细胞黏附分子、PPAR等信号通路相关.