辣椒生产上的主要病害有CMV、TMV、PVY、炭疽病、疮痂病、根结线虫等。抗病育种是辣椒育种的主要目标,也是基础理论研究的热点之一。本研究中以94份耐热辣椒自交系材料为研究对象,利用分子标记辅助选择技术进行4种抗性基因(Bs2、Cmr1、Me1、Pvr4)检测,筛选出抗病、优质核心育种材料,加快抗病、优质性状的聚合,创制综合性状优良的新品种。供试材料为THI-P-10、P5114、BL8等94份耐热辣椒自交系。CTAB法提取辣椒总DNA,根据4种抗性基因Bs2、Cmr1、Me1、Pvr4序列设计特异性引物,对94份材料的基因组DNA进行PCR扩增,对比目标群体检测结果。疮痂病、CMV、根结线虫、PVY均采用苗期接种或病圃鉴定、室内抗性鉴定,验证结果。试验结果表明,THI-P-10、P5010等2份材料中含有Bs2,THI-P-10、P5114等12份材料中含有Cmr1,THI-P-02、CA1324等16份材料中含有Me1,THI-P-22、CAN042-M等8份材料中含有Pvr4。同时含有3个抗性基因的材料有5份,分别是THI-P-10、THI-P-22、CAN042-M、P5114、P1468;同时含有2个抗性基因的材料有12份,分别是THI-P-10、THI-P-22、CAN042-M、P5114、P1468、THI-P-02、CA1324、鹤峰铁皮辣椒、THI-P-8、HN0922、S18、07-13-1;未检测到同时含4个抗性基因的材料。对含多种抗性基因的材料相互杂交,聚合多抗材料24份,结合海南穿梭育种技术,利用核心种质为轮回亲本筛选出多抗BC1F1材料12份。对耐热辣椒材料及转育材料进行了病圃及室内接种抗性鉴定,确定对病害的抗感程度,结合农艺性状统计,筛选出优质、多抗的耐热辣椒材料4份,分别是THI-P-10、P5114、THI-P-22、CA1324。