目的：采用中药指纹图谱研究技术建立了不同产地的茅苍术水提物不同极性部位的指纹图谱。 方法：HiQsilC18色谱柱(4.6mm×250mm,5μm);流动相为甲醇-水(0.2％冰醋酸),梯度洗脱,流速,0.7mL·min-1;柱温：30℃。采用SPSS 13.0统计软件进行聚类分析。 结果：通过对不同产地茅苍术水提物不同极性部位指纹图谱的研究中发现,石油醚部位有10个主要共有峰,乙酸乙酯部位有11个主要共有峰,正丁醇部位有14个主要共有峰。对不同产地16个茅苍术样品进行相似度计算,综合分析16个样品在不同极性部位相似度,结果表明6批道地茅苍术的相似度较高,其他非道地茅苍术与之相比相似度高低顺序依次为：南京灵山、安徼、湖北、河南、陕西。对不同产地茅苍术不同极性部位进行综合SPSS聚类分析表明：所分析的茅苍术药材大致划分为两类,该聚类分析结果与以挥发性成分为指标的聚类分析结果较为相似。 结论：综合分析茅苍术挥发性与非挥发性化学成分的特征,所得到的实验结果能够更加客观的反映茅苍术的内在质量。