东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析

来源 :浙江大学学报:农业与生命科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户:qx552801
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为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法,以东乡野生稻(Oryzarufipogon)嫩绿叶为材料,不需分离叶绿体DNA,利用高通量测序获得的全基因组短序列及叶绿体基因组高度保守的特性,与参考序列进行比对,从而组装拼接出叶绿体DNA序列,并同时利用生物信息学手段和聚合酶链反应扩增进行补洞。最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列,大小为134537bp,大、小单拷贝区和反向互补重复区大小分别为80585bp,12346bp,20803bp,共注释叶绿体基因152个。基于获取的东乡野生稻及其他稻属物种叶
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