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利用从青岛近海发现的一株高产琼胶酶的假别单胞菌CY24 ( Pseudoalteromonas sp. CY24)建立基因组DNA文库后,用水解圈的方法从中筛选到一个具有琼胶酶活性的阳性克隆pBA1。pBA1的序列分析结果表明,插入DNA片段的长度为6.7kb,含有4个推测读码框架,并利用亚克隆法确定了琼胶酶的编码基因agaB。agaB基因的开放阅读框架为1437bp,编码478个氨基酸,理论分子量为50.9kDa,在N末端有一个包含38个氨基酸的信号肽。推测的成熟蛋白质的分子量和等电点分别为47.2kD