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在产业转型升级过程中，跨区域合作是迅速实现产业转型的最佳途径。在粤、桂、琼三省区农业转型升级中，可通过建立合作的技术联盟机制、基于全球价值链上的区域产业协作机制、区域合作网络要素作用机制，来控制三省区农业转型升级合作的方向；通过参考产业链纵向分工明细化合作模式、技术市场协同合作模式、产业龙头企业带动型等合作模式，明确粤桂琼农业转型升级合作模式的选择与应用。