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提出了一种基于结构特征的蛋白质二级结构预测方法。先对氨基酸的理化特性进行主成分分析，提取出主要影响因素，并融合成3位编码。接着，在原有3位编码基础上加入3位氨基酸在特定二级结构中的倾向因子。编码完成后，使用支持向量机方法进行预测。实验结果表明，改进后的编码方式优于单纯做主成分分析得到的3位编码和5位编码方式，可以有效地用于蛋白质二级结构预测。