近年来，保护地黄瓜病害主要以黄瓜细菌性角斑病、黄瓜黑星病、黄瓜枯萎病、黄瓜霜霉病、黄瓜灰霉病为主，兼有冷害沤根发生。其中黑星病、灰霉病是保护地黄瓜生产中新发生的重要病害，细菌性角斑病在早期发生且比较普遍。枯萎病在连作的棚、室内发病较重，霜霉病是生产后期危害较重病害。
　　
　　1、黄瓜细菌性角斑病
　　
　　黄瓜细菌性角斑病是保护地黄瓜早期发生的病害，主要侵染叶片形成多角形病斑，病斑受叶脉限制，后期穿孔，湿度大时，病斑背面溢出乳白色菌脓，低温、高湿、多雨是主要发病条件，防治方法：(1)用喷粉器喷施角斑灵粉尘0.5～0.7kg/亩，效果良好。(2)发病初期喷施77％可杀得可湿性微粒粉剂1000倍液，兼防霜霉病，炭疽病等病害。
　　
　　2、黄瓜黑星病
　　
　　黄瓜黑星病是由黑星病菌侵染引起的一种真菌病害，在我县只有几年的发生历史且发生比较严重。病菌可侵染植株地上的各个部位。侵害叶片多形成淡黄色椭圆形小病斑，病斑后期呈星状开裂穿孔；侵染瓜条形成椭圆形凹陷病斑，病部流出琥珀色体液，影响外观和品质，低温、多湿、阴雨、寡照、冷凉是主要发病条件，主要防治方法：(1)用喷粉器喷施10％黑煞星粉尘0.5～0.75kg/亩。(2)发病初期喷施美国杜邦公司生产的40％福星6000～8000倍液有特效。
　　
　　3、黄瓜枯萎病
　　
　　黄瓜枯萎病是由枯萎病菌侵染引起的一种真菌病害，主要侵染维管束，初发病时植株白天萎蔫，早晚恢复正常，切开茎基部，可以看到维管束变褐色，潮湿时病部表面生出白色至粉红色霉层，高温、高湿、土壤带菌量多是主要发病条件，防治方法有(1)种子消毒；50％多菌灵可湿性粉剂500倍液浸泡l小时：或40％甲醛150倍液浸种1.5小时后用清水洗净，再催芽播种。(2)合理栽培管理、深翻土地、高畦栽培，重病棚室要采取5年以上与非瓜类作物轮作；施用腐熟基肥及时追肥灌水，要避免大水漫灌，发病时要控水，拔除病株。(3)土壤消毒。用50％多菌灵可湿性粉剂每亩4kg混入细干土，拌匀后施入定植穴内。(4)嫁接防病：利用南瓜根系发达对黄瓜枯萎病有较强的抗性的特点，将南瓜做砧木、黄瓜做接穗，进行嫁接换根，防治枯萎病防效可达95％以上并有明显的增产效果。(5)生物防治，用20％农抗120水剂100倍液，于发病初期开始灌根，每株灌0.25kg药液，10天后再灌一次。(6)药剂防治：采用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液或70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液灌根。
　　
　　4、黄瓜霜霉病
　　
　　黄瓜霜霉病是由黄瓜霜霉病菌侵染引起的一种真菌病害，在保护地黄瓜生长后期发生较重，高温、高湿、结露多，叶片上有水滴水膜是主要发病条件。多在开花结果期危害叶片，初发病时有水渍状多角形病斑，病斑不穿孔，湿度大时背面病斑可长出黑色霉层。主要防治方法有：(1)生態防治：保护地黄瓜生长前期要保温降湿，中后期要通风排湿实行日落后放风，晴天早晨浇水，浇水后闭棚增温后大通风等措施，使棚内温度白天保持25～28℃，夜间15℃左右。相对湿度白天60％左右，夜间95％以下，土壤含水量在70％左右。(2)药剂防治：用喷粉器喷施5％霜克粉尘或5％百菌清粉尘0.75kg/亩或发病初期用72％克露可湿性粉剂600～800倍液或72.2％普力克600～800倍液喷雾。
　　
　　5、黄瓜灰霉病
　　
　　黄瓜灰霉病是由黄瓜灰霉病菌侵染引起的一种真菌病害，主要危害幼瓜瓜条。病菌多从开败的雌花侵入，花瓣受害后易枯萎腐烂并长出淡灰色霉层，而后向幼瓜扩展。花和幼果蒂部初呈水浸状，病部褪色，渐变软萎缩、腐烂，表面生有霉层。较大的瓜被害时，组织先变黄并生灰霉，被害瓜受害部位停止生长，腐烂或脱落，烂花、烂瓜落在茎叶上引起茎叶发病。叶部病斑初呈水浸状，后呈浅灰褐色，病斑中间有时生出灰色霉层，病斑大小不一，大的直径可达20～25mm，边缘明显。茎上发病，造成数节腐烂，瓜蔓折断，植株枯死。光照不足，高湿、较低温(20℃左右)，是灰霉病发生和蔓延的重要条件。主要防治方法有：(1)粉尘法防治：发病初期用6.5％万霉灵粉尘0.75～1.0kg/亩或5％百菌清粉尘0.75～1.0kg/亩用喷粉器喷施。(2)生物防治：从发病初期，采用1％农抗武夷菌素150倍液防治，每隔6天～7天喷1次，连喷3～4次。(3)药剂防治：发病初期用50％速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液或50％多霉灵可湿性粉剂800～1000倍液喷雾。
　　
　　6、黄瓜害虫
　　
　　黄瓜虫害主要有蚜虫、温室白粉虱和美洲斑潜蝇，防治蚜虫用功夫乳油3000倍液喷雾；防治美洲斑潜蝇于产卵盛期至孵化初期采用40％绿菜室乳油45～90g/亩，每15g兑水15kg喷雾，或阿维菌素类农药虫螨克、阿巴丁、害极灭等3000倍液喷雾防治，防效也较好。