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选取2009-2014年省际面板数据,运用超越对数随机前沿模型估计了中国产学研合作创新效率,并考察了其非效率影响因素。实证结果表明:产学研合作效率整体处于中等水平,有较大改善空间;非效率影响因素对合作效率影响较大,其中,政府资助和所有权结构呈显著负向影响,初始合作资源和地理区位呈显著正向影响:产学研合作内生投入产出机制倾向于不合理,内源性创新系统效率随时间演变逐年损失;区域差异化明显,高效率和较高效率区域集中于东部沿海省份,其合作效率显著高于中西部省份.且省域内合作较为紧密,跨省域合作较少、效率较低。