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[目的]分析健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内古菌群落结构与多样性.[方法]运用Illumina MiSeq高通量测序技术,分别对根际土壤、非根际土壤及根内古菌16S rRNA基因的V3～V4区进行扩增并测序,分析健康与患根腐病草莓不同部位古细菌群落结构与多样性.[结果]健康组共鉴定出11个门、19个纲、25个目、29个科、43个属,患根腐病组共鉴定出11个门、20个纲、27个目、32个科、47个属.门水平上,所有土壤样品的优势古菌门均为奇古菌门(Thaumarchaeota)、广古菌门(Euryarchaeota)和乌斯古菌门(Woesearchaeota),所有根内样品优势菌门均为奇古菌门和广古菌门;患根腐病草莓根际和非根际土壤的奇古菌门相对丰度均低于健康草莓,广古菌门和乌斯古菌门相对丰度均高于健康草莓,患根腐病草莓根内样品的奇古菌门和广古菌门相对丰度均低于健康草莓.属水平上,所有土壤样品的优势属均为亚硝化球菌属(Nitrososphaera)、亚硝化侏儒菌属(Nitrosopumilus)和Methanomassiliicoccus属,患根腐病草莓根际土壤亚硝化球菌属相对丰度比健康减少9.27百分点,非根际土壤亚硝化球菌属相对丰度比健康减少9.87百分点;所有根内样品的优势属均为亚硝化球菌属和甲烷孢菌属(Methanocella),亚硝化球菌属相对丰度比健康增加15.13百分点.[结论]健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内样品古菌群落组成差异明显,说明草莓根腐病的发生与根际土壤、非根际土壤以及根内古菌群落结构改变密切相关.