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肠道病毒是引起重症手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体,近年来引起重症手足口病的病原谱正在发生变化,这为病原谱的检测带来了困难,而包括高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)在内的新技术为明确重症手足口病的病原谱提供了帮助。为了明确河北省2017～2018年重症手足口病的病原谱,本研究采集2017～2018年河北省重症HFMD病例的50份标本(2017年29份,2018年21份)进行病毒分离,从23份标本中分离到病毒,采用一代测序方法获得其全长VP1区序列,而其余27份标本未能直接分离到病毒,其中17份采用高通量测序的方法获得了部分或者全长基因组序列。序列分析结果显示,近年来河北省重症HFMD的肠道病毒病原谱发生了较大变化,2017年重症HFMD标本中,10份检出肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71),1份检出柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16),10份检出柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)(其中高通量测序检出5份),还有3份检出其他肠道病毒;2018年重症HFMD标本中,1份检出CV-A16,7份CV-A6通过高通量测序检出,5份检出柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)(其中高通量测序检出3份),还有3份检出其他肠道病毒。通过高通量测序,可检出病原体的重症标本由原来的23份上升到40份,可检出CV-A6的标本由5份上升到17份,CV-A10由2份上升到5份;重症病例病原谱中CV-A6所占的比例由21.7%(5/23)上升到42.5%(17/40),CV-A10由8.7%(2/23)上升到12.5%(5/40),而EV-A71由于病毒分离比较敏感,含有EV-A71的标本病毒分离全部是阳性,高通量测序并没有多检出,在病原谱中的比例由43.5%(10/23)下降到25.0%(10/40)。RAxML构建的CV-A6和CV-A10的VP1区的系统发育树显示,CV-A6属于中国流行的优势基因亚型D3a,CV-A10属于中国流行的优势基因型C。河北重症HFMD标本检测到的两株CV-A6与其余中国CV-A6序列的3D区的核苷酸相似度为76.4%～98.9%,氨基酸相似度为92.7%～99.7%,两株CV-A10与其余中国CVA10序列的3D区的核苷酸相似度为93.2%～97.1%,氨基酸相似度为97.4%～99.7%。本研究揭示,引起河北重症HFMD的CV-A6和CV-A10均是中国目前流行的优势基因型,与中国流行株相比,并未发生新的重组事件。CVA6和CV-A10在引起河北重症HFMD的病原谱中所占比例逐渐增高,CV-A6超过EV-A71,已成为引起HFMD重症病例的优势型别,提示应该加强对CV-A6和CV-A10的监测,积极研制这两种病毒的疫苗,这将有助于进一步减少重症HFMD病例数,并减轻重症HFMD疾病负担。