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免疫共沉淀-DNA高通量测序二者的结合是研究蛋白质与基因组DNA相互作用及组蛋白修饰的新实验工具,它同时也对短DNA读序在基因组上的映射、映射结果比较提出了新的算法需求。本文介绍新一代测序原理及数据的特点、相关的读序映射算法的基本原理及对应软件,并说明了该方法在组蛋白修饰、转录因子结合位点分析中的应用。