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构建有效的内部控制体系是加强组织建设治理能力的关键。在科研经费投入不断增长和管理权限持续扩大的背景下,文章运用归纳、演绎相结合的方法,系统剖析了科研院所科研经费内部控制存在的主要问题,进而从优化内部控制环境、健全风险评估机制、强化内部控制活动、完善内控信息系统以及严格内部监督检查等五个方面,系统地提出了相应的优化对策和改进建议。