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环境污染和人类活动使我国泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)资源量锐减,种质资源不断退化.为探索我国泥鳅不同地理群体的遗传多样性及种群遗传结构,本研究采用10个微卫星标记对鄱阳湖地区及珠江流域共7个泥鳅群体(鄱阳湖,英德,清远,连南,南雄,梅州,柳州)进行了遗传多样性分析.结果表明,各基因座的平均等位基因数(number of allele,Na)和有效等位基因数(effective number of allele,Ne)分别为7和2.5个,平均观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)和期望杂合度(expected heterozygosity,He)分别为0.3274和0.3960.7个泥鳅群体间的近交系数(population inbreeding coefficient,Fis)、遗传分化系数(genetic differentiation coefficient,Fst)和基因流(number of migrants per generation,Nm)分别为0.0930、0.3720和0.4221,表明7个群体间遗传交流水平低,存在较高程度的遗传分化.10对微卫星引物在7个群体中共扩增出79个等位基因,群体的Na为3.0～7.5个,Ne为1.7～5.5个,Ho为0.3074～0.5347,He为0.3290～0.8615,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.3168～0.5294.7个泥鳅群体间的遗传距离为0.0453～1.6023,柳州与南雄群体遗传距离最小(0.0453),亲缘关系较近;清远与梅州群体遗传距离最大(1.6023),亲缘关系相对较远.基于遗传距离的聚类结果显示,柳州、南雄、连南和梅州群体聚为一个分支,而清远、英德和鄱阳湖群体聚为另一个分支.上述研究结果表明,目前我国泥鳅群体的遗传多样性处于中等水平,泥鳅群体间的遗传分化受自身迁移能力和地理隔离等因素的影响.本研究可为泥鳅良种基础群体的进一步选择及泥鳅种质资源的保护提供理论依据.