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全基因组测序(WGS)分型在微生物的遗传与变异特征分析、菌株进化和暴发溯源调查中已经显示出了其极大的应用价值和发展潜力。本文简要概述了WGS的基本原理,介绍了基于全基因组的单核苷酸多态性分型和基于全基因组多位点序列分型两种主要的测序数据解读和分析方式,比较了WGS与脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型等常见分子分型手段的主要特点,列举了典型的WGS应用于食源性疾病监控和暴发识别的案例,最后对WGS分型在食源性疾病监控和暴发调查领域的发展前景进行了展望。