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本文提出了负折射率缺陷层的一维各向异性光子晶体结构，利用传输矩阵的方法给出了TE波和TM波的透射率，结果表明在TE波中出现两个及多个缺陷模，TM波存在单缺陷模，两种偏振状态不同的透射波的缺陷模能分开，得出了光通过负折射率缺陷层的一维各向异性光子晶体后TE波和TM波随入射角的变化特性、随缺陷层厚度的的变化特性。这些特性用于光子晶体多通滤波、光子晶体偏振和激光谐振腔等器件的设计具有重要意义。