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以〔４ｘ（亚洲棉×异常棉）〕×陆地棉的杂交后代培育的５个种质系和３个亲本为材料，用２２个随机引物进行了ＲＡＰＤ分析。结果表明：３个棉种具有明显的多态性差异。５个种质系均检测到来自不同棉种的ＤＮＡ特异片断；３个棉种间的遗传相似系数在５０％以下。陆地棉亲本与种质系间和种质系与种质系间的相似系数在０．７１０￣０．９３３之间，平均为０．８０８。这些差异与回交亲本、单株选择的定向培育有关。研究结果对棉属远缘杂交育种具有一定的参考价值。