杜鹃花花大色艳、花叶繁茂,灿若云锦,有着“木本花卉之王”的美誉。杜鹃花野生资源在全球有着广泛的地理分布,其中,中国分布有566种,是杜鹃花资源的多样化中心。通过对两个杜鹃花种质资源的高通量测序研究,我们首次测定了映山红和皋月杜鹃的基因组,运用生物信息学的方法,估计了两种材料的杂合度、GC含量、重复度等基因组信息,为开展相关近缘物种的全基因组测序提供一定的理论指导,同时,我们对两个材料的基因组进行了denovo拼接,获得的序列信息可以为分子标记的开发及基因挖掘奠定一定的基础。研究结果表明,映山红与皋月杜鹃的基因组大小分别均在608 Mb和567 Mb;它们都具有很高的杂合度,其中,映山红杂合度约在1.9%,皋月杜鹃杂合度约在2.6%;因为两个材料的杂合度均很高,且它们的自交亲和性差,极难获得相对纯合的材料,建议后期在对它们进行全基因组测序时,应优先采用大片段的三代测序手段,利用二代测序进行Hi-c的辅助组装及错误较正,并结合bionano光学图谱技术,有望得到较好的结果。