宋经元的领域是功能基因组和转基因技术，从2006年回国开始，他参与了DNA条码鉴定，珍稀濒危药用植物基因资源保护和中草药栽培技术三个方向的研究，而用DNA条码鉴定中药材是其中的重点。
　　记者：常规的中药材鉴定方法能否保证结果准确?
　　宋经元：中药材传统鉴定方法主要是形态学方法和理化方法。形态学鉴定需要鉴定者有很深的专业功底，熟悉植物的花、叶、果等部位的形态特征。一般的植物形态鉴定专家只专攻某一科或某一属的植物，只能为该范围内的植物进行专业鉴定。而理化分析更适合药材质量判定，在鉴定药材种类方面，其准确性甚至还不如形态学鉴定。因为来自不同地域的同种药材，其理化成分差别很大。
　　记者：DNA条码鉴定技术的优势在哪里?
　　宋经元：与形态学鉴定和理化鉴定相比，DNA条码鉴定是一个以碱基顺序和种类反应物种的客观指标，可以实现门，纲，目，科、属、种，变种的准确鉴定，不受鉴定者的主观因素和生长地域的影响。DNA条码鉴定技术也不同于普通的DNA分子鉴定技术。前者具有通用性，可以用来鉴定全球的植物，而后者通常是为某个特定科属的植物设计的，对于更大范围的植物并不适用。
　　记者：能否介绍一下DNA条码概念和研究背景?
　　宋经元：DNA条码是指利用一段标准的DNA序列作为标记来实现快速，准确和自动化的物种鉴定，类似于超市利用条码扫描区分成千上万种不同的商品。这个概念在2003年由加拿大动物学家Paul Hebert首先提出。DNA条码鉴定技术首先应用在动物领域，一个基因就可以解决大多数动物的物种鉴定问题。但这个技术应用在植物领域却相对困难，目前学界更倾向于使用由两三个基因组成的复合基因序列来完成所有植物的DNA条码鉴定。至于究竟使用哪几个基因，学界还没有定论。在不久的将来，世界范围内的物种条码计划很有可能做成继人类基因组计划之后的大科学计划，而中国可能会成为整个计划的节点之一，负责亚太地区的条码计划的组织、实施和联络。
　　记者：从2006年至今，关于中药材的DNA条码鉴定研究取得了哪些进展?
　　宋经元：首先，我们和香港大学合作，以贝母属的8种植物为对象，尝试用不同基因序列进行测序，不过这次尝试并不成功。在这个基础上，我们将范围扩展到50种，这50种药用植物包括银杏、人参，石斛等，涵盖了不同的科属。2007年，申请了与英国皇家植物园的国际科技合作项目，将物种增加了100种。2008年的卫生公益性行业专项，又增加了中国药典收载的300种常用药用植物。卫生部的项目将在2011年截止，也就是说，在这以前，我们会公布一个适用于以上植物种类DNA条码鉴定的复合基因序列。