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傅斯年高等教育思想中最有价值者，当数其对德国讲座制度的阐释及对大学设置研究所之构想。大学不仅仅是知识传授的中心，更是学术研究的中心，大学教育应当以学术教育为中心，其理想的大学应当是德国研究型的大学。故傅斯年反对在大学中实行年级制，主张实施选课制度。除了实行选课制度和讲座制度之外，傅斯年主张大学应该创办研究所。大学研究所与专业研究所有着明显的不同：前者为大学师生共同研究的性质，是大学教授指导学生共同研究的学术机构，包含着研学相长之意；后者则是专业研究员进行专门研究的机构，无需学生参与。傅斯年的大学研究院设想