【摘 要】
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目的 了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性(SNP)特征.方法 利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对,选择其中的13个基因片段(19个SNP位点)在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序,并对序列进行UPGMA聚类分析.结果 全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点,通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集
【机 构】
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102206北京,中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室,102206北京,中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室,102206北京,中国疾病预防控
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目的 了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性(SNP)特征.方法 利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对,选择其中的13个基因片段(19个SNP位点)在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序,并对序列进行UPGMA聚类分析.结果 全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点,通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集性特征.结论 SNP作为一种比较稳定的遗传标记,可以较好地反映我国不同鼠疫自然疫源地耶尔森鼠疫菌的基因组特征。
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