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政府既是自主创新活动规则的制定者，也是自主创新活动的直接参与者。自主创新中的地方政府作为地方发展重要的直接指导组织，一方面贯彻国家的宏观指导政策，另一方面结合本国的实际情况，制定促进自主创新的计划，设计与执行有关区域发展的各种机制。政府要根据我国自主创新的现状，在加强自身建设的同时，推动各创新主体协调、互动。