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奎尼酸脱氢酶的高表达是奎尼酸生物合成的代谢工程研究的关键和基础。粗糙脉孢菌基因组中编码奎尼酸脱氢酶的基因qa-3在大肠杆菌中不表达，根据大肠杆菌密码子使用频率分析qa-3基因，发现有27个稀有密码子，其中编码Arg（R）的有8个，编码Gly（G）的有9个。编码精氨酸的AGG（AGA）两个稀有密码子紧密相连（R区），另外还有个相对比较集中的GGG密集区G区。进一步通过计算机分析其qa-3基因mRNA二级结构，发现改变5’和3’末端个别碱基对其二级结构的影响很大，可以使mRNA的自由能由野生型的．374．3k