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校院两级管理模式是一种不同于高校传统管理方式的新模式，如何在校院两级管理模式下对学校内部教育资源进行优化配置，一直是我国高校管理工作者希望解决的问题。首先通过明晰校院两级的职能界定，提出校院两级管理模式下“两级管理，提高绩效，培育特色，形成机制”的教育资源优化配置原则；并从权责利明晰、制衡有度，资源配置市场化、效益化，目标管理规范到位，评价机制科学合理，财务分配制度灵活高效等五个方面研究校院两级管理模式下教育资源优化配置的运行机制。