1958年，叶飞在厦门指挥了生平最后一次战役——炮击金门。“文革”中，他仍然不能幸免于难，先被关押于福州，后囚禁于北京卫戍区驻通县的一个部队里，失去自由长达6年之久。妻子王子耕也被关押，孩子受牵连生活无着，由他人代为照看。
　　1972年底，叶飞被发现心律不齐、心跳过速，先经周恩来批示于北京阜外医院治疗，1973年6月，再经叶剑英批示住进总后勤部304医院。
　　“文革”后期，由毛泽东点名，叶飞担任交通部部长。
　　1976年7月，中央召开计划工作座谈会。王洪文毫不留情批评交通部搞“条条专政”，“崇洋媚外，买船卖国”。怎么办？交通部党组开会研究。有人建議以交通部党组名义作“检讨”。
　　叶飞坚决不同意，斩钉截铁地说：“买船是中央领导叫办的，是中央决定的，怎么检查？而且，这个问题不能在计划工作座谈会上讲，要讲就到政治局去讲。政治局决定的事情，我们无权检讨。那个报告，政治局委员全画了圈嘛，江青也画了圈嘛！”
　　他怒不可遏，竟敲起了桌子。“我是部长，天大的事我负责！该当何罪由我去！你们慌什么？大不了一死嘛！革命几十年，不能死了让后代骂！”他再次明确表示，“我们不检讨，也无权检讨！就是杀了我的头也不检讨！”
　　这可招来了对他的直接攻击，《叶飞依然故我》《叶飞你要把机关运动引向何方》等大字报，贴满墙上。而他不为所动，就是不写半个字的检查。
　　叶飞平时喜欢听贝多芬的第三交响曲——《英雄》。1999年1月下旬，在视察厦门的第二天，他突感身体难受，茶饭不思，精神不振。2月9日，他由专机接回北京，301医院很快确诊他的脑干长了恶性肿瘤。
　　85岁的叶飞勇敢地接受了脑部手术，术后也很快恢复了意识，可几天后却突然昏迷过去。
　　清醒时，他提出在病房里听一听《英雄》，这个要求得到了医生的同意。每次醒来，他总把头侧向乐音发出的方向。1999年4月18日中午12点，在低回的交响乐曲声中，叶飞永远地阖上了双眼。
　　1991年的时候，他曾对王于耕和长女小楠说：“我死后就葬在厦门，这是对你们俩的正式交代。”按他的遗愿，他的一部分骨灰和王子耕合葬在厦门的解放纪念碑旁，另一部分撒人了台湾海峡。他要在离台湾最近的地方，等待祖国统一的那一天。
　　他的出生地菲律宾奎松省地亚望镇，也在2000年隆重举行叶飞公园、叶飞将军铜像和叶飞学校竣工揭幕仪式。