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基于三坐标测量机的测量方式，针对圆柱蜗杆提出了一种补偿安装偏心所产生的系统误差算法。通过对坐标变换和最小二乘法等数学方法的运用，建立了蜗杆安装偏心的数学模型，并将待估的偏心参数写入到若干个非线性方程中。利用最小二乘的广义逆法求解方程，结果证明了该算法在解决此类问题时的有效性，同时仿真试验也给出了补偿算法的收敛特性和精确程度。