目的了解云南省边境县手足口病流行特征,为防控策略制定、跨境传染病联防联控工作提供参考依据。方法采用有序聚类和无序聚类方法,对2011-2016年云南省25个边境县的手足口病报告病例数和发病率,按不同月份、年龄段、县区进行分析。结果不同月份手足口病例数有序聚类可分为3类(1-3月、4-6月、7-12月各聚为一类)。无序分类可分为3类(1、4、7、9月; 5-6月及10-12月; 2-3月及8月各聚为一类)。不同年龄段手足口病例数有序分类可分为3类(0～岁、1～3岁、4～岁以上各聚为一类)。无序分类可分为4类(1～岁、2～岁、0～岁及3～4岁、5～岁以上各聚为一类)。按手足口发病率可将25个县聚为4类:1类为瑞丽市、盈江县; 2类为景洪市、勐海县、勐腊县、芒市;其余19个县可分别归为3类、4类。1类、2类县手足口病发病率高于3、4类。结论云南省25个边境县手足口病在不同时间、不同人群和不同地区之间流行具有差异性,应加强重点地区、重点人群的手足口病防控工作。