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芳村矿区金矿床的成矿过程是由地槽在沉积阶段与多种成矿元素初始富集于碳酸盐夹层的泥质板岩中，经区域变质和褶皱共同作用，使熔融金通过离子扩散或侧分泌作用向低压扩容带迁移，随着温度压力降低，熔液物化条件变化，SiO2等发生沉降，形成顺层产出的变质分异型石英脉，逐渐析出金产生矿化。之后韧性剪切变形作用使成矿溶液进一步活化，金由次显微状向显微粒状发展，伴随硫化物矿化、硅化、碳酸盐化、绢云母化和绿泥石化等热液蚀变，在温度、压力梯度作用下，促进成矿物质析出、沉淀，于含脉挤压破碎带及附近岩层中富集成矿。