《招标投标法》与《政府采购法》并存在一定程度上影响了我国政府采购法律体系的和谐统一。在日常政府采购实践中，政府采购当事人应该善于了解冲突、利用冲突，克服困难做好政府采购工作。
　　
　　[冲突表现之一]自然人投标资格法律冲突
　　根据《招标投标法》第25条规定投标人应当是法人或者其他组织；除非科研项目，其投标人不包括自然人。而根据《政府采购法》第21条规定：“供应商是指向采购人提供货物、工程和服务的法人、其他组织或者自然人。”显然，在政府采购活动中，自然人投标行为有效。
　　[适用法律分析]按照《立法法》关于新法优于旧法的原则，《政府采购法》颁布于《招标投标法》之后，新法扩大投标供应商范围的规定应当优先适用。政府采购鼓励自然人参与政府采购活动，是政府采购“三公”原则和充分竞争原则的体现。在政府采购活动中，比如艺术创造、科研等情况，自然人完全可以成为合格的供应商。
　　
　　[冲突表现之二]投标人数量底线法律冲突
　　《政府采购法》第36条规定符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质响应的供应商不足三家的，应予废标，用以保证政府采购的公正性。而《招标投标法》第28条和第42条规定：只要投标人不少于三个，就可以确定中标人；并没有对投标人做出任何限制性规定。
　　[适用法律分析]《政府采购法》第36条与《招标投标法》第28条的不一致，是对投标人质量要求问题引发的法律冲突。按照《立法法》新法优于旧法的原则，可以认为《政府采购法》第36条是对《招标投标法》第28条的进一步完善。并且，前者的废标条件来自质量和数量两个方面。质量要求符合专业条件或者对招标文件作实质响应，数量要求供应商不足三家；而后者的废标条件仅来自数量一个方面，即投标人少于三个。显然《政府采购法》关于废标的规定是符合市场经济发展要求的。
　　
　　[冲突表现之三]非公开招标的审批机关发生法律冲突
　　《政府采购法》第27条规定：采购人采购货物或者服务因特殊情况需要采用公开招标以外的采购方式的，应当在采购活动开始前获得设区的市、自治州以上人民政府采购监督管理部门的批准。然而，《招标投标法》第11条规定：国务院发展计划部门确定的国家重点项目和省、自治区、直辖市人民政府确定的地方重点项目不适宜公开招标的，经国务院发展计划部门或者省、自治区、直辖市人民政府批准，可以进行邀请招标。正是基于此规定，国家发改委出台的系列招标投标办法均排除了政府采购监管部门对非公开招标方式的审批权。
　　[适用法律分析]适用哪部法律，一方面要从项目类别上进行区分。如果是工程招标而不是货物和服务招标。那么就应当按照《政府采购法》第4条规定适用《招标投标法》第11条，也就是说国务院发展计划部门确定的国家重点项目和省、自治区、直辖市人民政府确定的地方重点项目不适宜公開招标的，经国务院发展计划部门或者省、自治区、直辖市人民政府批准，可以进行邀请招标。另一方面要从工程项目是否进入政府采购目录区分。如果是已经进入政府采购目录的工程招标，那么采取邀请招标则需政府采购监督管理部门审核批准。
　　
　　[冲突表现之四]信息公布冲突
　　《政府采购法》要求政府采购信息充分公开，并且指定有相应的政府采购信息发布媒体。同时《招标投标法》也规定了采购信息披露制度，先后指定了自己的信息发布媒体。截至目前，我国披露公共采购信息的报刊和网络已经超过十家以上，这里还不包括国家各部委相对应的行业报刊和地方报刊以及网络。这种局面不利于供应商及时、快捷地获取全面的采购信息，也不利于监管。
　　[适用法律分析]尽快完善两部法律，出台统一的公共采购法，建立统一的采购信息发布平台，集中统一发布采购信息及相关动态，构建统一的公共采购市场。