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粤港澳跨行政区域创新系统是由粤港澳三个行政区域内有着密切联系的创新主体、创新环境和创新动力源相互作用而形成的一种跨越行政区划的多层次结构的区域创新系统。它的构建具有重要的理论意义和现实意义，并具备一定的客观要求和现实基础。构建粤港澳跨行政区域创新系统需要根据不同行政区域的自身特点，分层次、分类别地建设好各种创新子系统。尽管市场机制在构建过程中具有重要的调节功能，但不能忽视相应的宏观调控和组织协调，应将市场机制和政府行为有机地结合起来。