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主体功能区战略的实施将对我国社会经济发展产生深远影响。但主体功能区战略的实施需要诸多政策与制度的支撑与配合，财政转移支付作为政府减缓地区间差距的重要政策手段，将成为主体功能区战略推进的重要前提和主要途径，如何准确把握主体功能区战略实施与财政转移支付之间的内在逻辑性，值得关注和思考，探析现行财政转移支付存在的缺陷与不足，进而提出相应对策选择。