【摘 要】
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目的 了解2009—2019年上海市闵行区手足口病的病原谱，分析肠道病毒71型（enterovirus 71,EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CV-A16）VP1区基因特征，为手足口病的综合防治提供科学依据。方法 对2009—2019年闵行区手足口病监测点送检的标本应用实时荧光定量PCR进行病原学检测，分析病原学特征。EV-A71和CV-A16病毒分离株
【基金项目】
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上海市闵行区自然科学研究课题（2019MIIZ011）； 闵行区公共卫生重点学科建设（MGWXK08）；
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目的 了解2009—2019年上海市闵行区手足口病的病原谱，分析肠道病毒71型（enterovirus 71,EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CV-A16）VP1区基因特征，为手足口病的综合防治提供科学依据。方法 对2009—2019年闵行区手足口病监测点送检的标本应用实时荧光定量PCR进行病原学检测，分析病原学特征。EV-A71和CV-A16病毒分离株进行VP1区核苷酸序列测定，分析其同源性并构建系统进化树。结果 2009—2019年共收集到5 364例手足口病病例标本，病原学检测阳性检出率为86.74%（4 653/5 364）,其中EV-A71检出率为40.12%（2 152/5 364）、CV-A16为16.61%（891/5 364）、CV-A6为20.86%（1 119/5 364）、CV-A10为1.49%（80/5 364）。2009—2014年主要呈EV-A71和CV-A16共同流行趋势，2015—2019年主要以CV-A6和CV-A16共同流行为主。EV-A71分离株均为C4a型，VP1区核苷酸序列同源性为92.1%～99.3%、氨基酸序列同源性为98.1%～100.0%; CV-A16分离株均为B1基因型，存在B1b和B1a基因亚型的共同流行，VP1区核苷酸序列同源性为87.2%～99.6%、氨基酸序列同源性为97.9%～100.0%。结论 2009—2019年上海市闵行区手足口病呈现EV-A71、CV-A16和CV-A6共同流行态势，不同年份的优势毒株呈现动态变化；而EV-A71流行株属于C4a亚型、CV-A16流行株存在B1b和B1a基因亚型的共同流行，与国内大部分地区的流行株基因亚型一致。
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