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药用植物内生菌具有合成与宿主植物相同或相似活性成分的功能,在生物防治、医药卫生等领域有着广阔的前景。从内生菌对药用植物活性成分产生和积累的影响、药用植物内生菌产生的活性成分的作用、研究内生菌与药用植物活性成分的关联性的途径等方面进行了综述,提出了内生菌研究过程中待解决的若干问题,为进一步研究药物植物内生菌提供参考。