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以克氏原螯虾DNA为材料,对AFLP分析中的基因组酶切时间、选择性扩增中预扩增产物稀释倍数、Mg2+浓度等3个因素进行了比较。结果表明,基因组用EcoRⅠ和MseⅠ双酶切5 h,选择性扩增的PCR反应体系中Mg2+1.5 mmol/L是进行克氏原螯虾AFLP分析的最佳反应条件,能够得到丰富稳定的带纹。而预扩增产物稀释倍数对选择性扩增没有明显影响。该体系的构建为AFLP技术在克氏原螯虾相关研究中的应用奠定了基础。