在综合协同创新网络基本属性和独有特质的基础上,通过刻画外界刺激转变过程和网络异质主体行为,构建出以异质性主体为网络要素、以刺激-反应机制为演化机理的协同创新网络类DNA翻译过程模型。运用系统仿真方法,从协同创新网络的拓扑结构变动规律,知识元素和网络拓扑结构的耦合演化关系,网络异质主体的角色作用及主体开放程度与知识流动效率的关系等多个角度渐次深入地分析了协同创新网络演化过程中网络结构变动特点及其与知识元素、主体要素间深层次地交互作用关系。结果表明:协同创新网络发展过程中会多次涌现小世界特性,但程度、原因不尽相同;技术知识和网络结构存在协同演化现象;强势企业始终是协同创新网络的主导;主体开放程度对技术知识流动效率有很大影响。强化企业在技术创新中的主体地位,并增强异质性主体间的开放程度,是提高协同创新绩效的有力保障。