连作障碍是限制甜瓜产业绿色可持续发展的重要因素。为明确土壤熏蒸和微生物菌剂缓解甜瓜连作障碍的效果及其土壤生态效应，优选防治大棚甜瓜连作障碍的措施，本研究比较了3种土壤熏蒸剂（棉隆、漂白粉、威百亩）和3种菌剂/菌肥（济元链复合微生物菌剂、硒霉菌复混肥料、聚谷氨酸复合微生物菌剂）施用对连作甜瓜产量、品质以及土壤pH、土壤电导率、养分含量、酶活性和微生物群落组成的影响。结果表明：与常规施肥相比，威百亩熏蒸条件下甜瓜单株结果数和产量分别降低27.7%和30.9%；棉隆处理土壤电导率、有效磷、速效钾含量分别降低31.9%、67.2%和26.6%。土壤熏蒸对细菌群落多样性无显著影响，但显著增加了土壤真菌群落多样性以及未知真菌物种的相对丰度。在促进土壤中生防促生细菌（如：Rokubacteriales、Ktedonobacteria、Thermoleophilia和Microbispora）积累的同时，棉隆熏蒸也加剧了土壤病原真菌（如：Ciboria）的积累。相反，3种微生物菌剂/菌肥施用条件下，连作甜瓜的产量、中心糖和边糖含量分别增加35.7%、3.5%和8.8%，土壤全氮、全碳含量，碳、氮、磷循环相关酶活性及相关功能微生物（如：Dadabacteriales、Steroidobacter、Dongia和Arthrographis）相对丰度均显著增加。聚谷氨酸复合微生物菌剂对大棚甜瓜产量及品质的形成、土壤质量和微生物生态功能的提升效果最佳。