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海水鱼和淡水鱼的消化道内都有一个规律的微生物菌群，它可分为土著微生物菌群和外来微生物菌群。恒温动物消化道中优势菌群为专性厌氧菌，而水生生物中需氧菌和兼性厌氧菌为优势菌群，尽管也在一些鱼类的消化道中发现专性厌氧菌。鱼类消化道微生物菌群在疾病防御中发挥重要作用，它通过产生抗菌物质来抑制致病菌进入组织。胃肠道细菌参与营养物质的分解，为宿主提供生理活性物质，如酶、氨基酸和维生素。本文综述报道肠道细菌提供营养物质的益生作用及提高机体抵抗疾病的能力。