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选用60个棉花基因组SSR标记,40份棉花种质为材料,采用改良DNA混合池的方法,探讨了多态性较好的SSR标记的快速筛选及其在棉花种质遗传多样性分析中的应用效果。结果显示:通过此方法,可以较为快捷地筛选出多态性好的SSR标记。聚类分析表明:筛选出的多态性较好的标记,其聚类分析效果较好,可更好地展现种质资源之间遗传背景的差异。