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先天性心脏病的发病因素主要包括先天性的遗传因素和胚胎发育的环境因素，遗传因素包括基因突变、DNA序列改变、染色体数目异常等。现有的研究表明先天性心脏病相关的危险因素主要有：母亲在妊娠早期感染病毒、服用致畸性的药物、饮酒、主动吸烟或暴露在被动吸烟的环境中、接触甲醛或化学试剂等。吸烟是心血管系统疾病的相关危险因素之一，现有的研究发现吸烟是妊娠期胎儿先天性心脏锥干畸形、肺静脉异位回流、房室间隔缺损以及阻塞性心脏缺陷的相关危险因素，其发生的机制尚未清楚。