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采用EcoRⅠ和HpaⅡ／MspⅠ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性（MsAP）分析体系，在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增，共检测到甲基化修饰位点120个，“CCGG／GGCC”位点甲基化修饰比例为20．17％。对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收，最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列，通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上。分析表明，这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区（47％）和第一外显子区（22％），在其侧翼序